Боссы и мини-боссы — это сложнейшие враги и главные цели для убийства в Hyper Light Drifter. Каждый босс уникален и имеет свои атаки и слабые места. Они находятся в конце каждой локации.
После каждого босса Дрифтер всегда находит новое оружие. Также после убийства босса выпадает 3 механизма. С мини-боссов 3 механизма и модуль.